Japan-Places.com listou aprox 540 Igrejas protestantes dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Igrejas protestantes dentro Japão estão- Igreja Koiwa, Igreja Cristã Hachinosato, Igreja Akasaka, Igreja Yummachi Hongo, Igreja Kagoshima Kajiyacho, Igreja Cristã Japonesa Igreja Nishiarai, Centro de Visão (IGREJA DA FAMÍLIA DE JESUS), Igreja Bíblica de Osaka do Sul, Igreja de Cristo da Aliança do Japão Igreja Tsuchiura Megumi & Igreja Megumi Tsuchiura da Aliança Japonesa.