Japan-Places.com listou aprox 540 Igrejas protestantes dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Igrejas protestantes dentro Japão estão- Igreja Kameari, Igreja UCCJ Kobe, Igreja Bíblica Fukuoka, Igreja Cristã Japonesa Igreja Kobe Seiai, Igreja Kamata, Igreja Betel Suzuka, Igreja Cristã Japonesa Sendai Aobaso Church, Igreja Evangélica de Tóquio Shibuya, Igreja Asakusa da Igreja Cristã Japonesa & Igreja UCCJ Sugamo.