Japan-Places.com listou aprox 540 Igrejas protestantes dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Igrejas protestantes dentro Japão estão- Igreja Memorial Ando, Comunidade da Graça, Igreja Rakuyo Igreja Unida de Cristo no Japão, Igreja de Mihama, Igreja Unida de Cristo no Japão Igreja Kawasaki, Igreja Shiba, Igreja Toriizaka Igreja Unida de Cristo no Japão, Igreja Betel Kuwana, Igreja da Visão de Tóquio Igreja da Visão de Tóquio (protestante) 대한 예수교 장로회 동경 비젼 교회 & Esquadrão Koto do Exército da Salvação.