Japan-Places.com listou aprox 133 Museu de história natural dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Museu de história natural dentro Japão estão- Museu do Dinossauro da Prefeitura de Fukui, Museu Parque Museu Natural da Prefeitura de Ibaraki, Museu Parque Museu Natural da Prefeitura de Ibaraki, Museu Kitakyushu de História Natural e História Humana, Museu de História Natural da Prefeitura de Kanagawa, A Instituição de Redução de Desastres e Renovação Humana em Memória do Grande Terremoto de Hanshin-Awaji, Museu de História Natural Gunma, Museu da Prefeitura de Mie, Museu da Natureza da Prefeitura de Saitama & Museu de História Natural da Prefeitura de Wakayama.