Japan-Places.com listou aprox 40 Museu de zoologias dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Museu de zoologias dentro Japão estão- Museu da Baleia Taiji-cho, Museu Parasitológico Meguro, Museu do Tubarão Kesenuma, Museu Iwakuni Shirohebi, Minoh Park Insectarium, Museu das Aves da Cidade de Abiko, Museu Equino do Japão, Museu Koriyama Goldfish, Museu de História das Ciências Naturais de Tsuyama & Insectarium do Parque Florestal da Cidade de Hiroshima.