Japan-Places.com listou aprox 97 Escritórios do governo da prefeitura do Japão dentro Cidade de Shinjuku. Alguns dos mais bem avaliados Escritórios do governo da prefeitura do Japão dentro Cidade de Shinjuku estão- Divisão de Assuntos Gerais Departamento de Política Ambiental Departamento de Meio Ambiente Governo Metropolitano de Tóquio, Tokyo Metropolitan Waterworks Bureau Departamento de Construção Divisão de Administração, Departamento de Educação do Governo Metropolitano de Tóquio Divisão de Orientação de Educação de Escola Secundária, Divisão de Orientação de Transações Departamento de Assuntos do Consumidor Governo Metropolitano de Tóquio, Seção de Promoção de Reciclagem de Recursos Departamento de Gerenciamento de Resíduos Escritório de Meio Ambiente Governo Metropolitano de Tóquio, Divisão de Gerenciamento do Departamento de Purificação de Água do Tokyo Metropolitan Waterworks Bureau & Divisão de Controle de Doenças Departamento de Políticas de Saúde Secretaria de Saúde e Bem-Estar Governo Metropolitano de Tóquio.