Japan-Places.com listou aprox 164 Museu Arqueológico dentro Japão. Alguns dos mais bem avaliados Museu Arqueológico dentro Japão estão- Museu Shakado da Cultura Jomon, Museu da Cultura Yayoi da Prefeitura de Osaka, Jomon Jiyukan, Museu de Arqueologia e Folclore da Prefeitura de Wakayama Kii-fudoki-no-oka, Museu Arqueológico de Ibusuki, Museu do Cemitério Antigo da Prefeitura de Kumamoto, Museu Toro da cidade de Shizuoka, Ozuka-kofun, Edifício DOKIDOKI do Museu Wakasa Mikata Jomon & Museu Shibayama Kofun Haniwa.